Von 2017 bis 2021 unterstützte das Bundesministerium für Bildung und Forschung (heutiges Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt) die Modernisierung der Forschungsinfrastruktur der in der FMD kooperierenden Institute (11 Institute des Fraunhofer-Verbunds Mikroelektronik sowie das Leibniz FBH und Leibniz IHP) mit insgesamt rund 350 Millionen Euro. Seit 2025 beteiligen sich zudem noch das Fraunhofer AISEC und das Fraunhofer IMWS aktiv in der Forschungsfabrik Mikroelektronik Deutschland (FMD).
Die Bezeichnung »FMD« ist eine eingetragene Wortmarke (Registernummer: 302023118127) der Fraunhofer-Gesellschaft beim Deutschen Patent- und Markenamt (DPMA). Sie steht für die gebündelte wissenschaftliche Expertise und die enge Zusammenarbeit der in der Forschungsfabrik Mikroelektronik Deutschland, kurz FMD, kooperierenden Fraunhofer- und Leibniz-Institute.